Le variant B.1.617 ayant émergé en Inde désormais catégorisé préoccupant au Québec

L’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) classe désormais le variant B.1.617 ayant émergé en Inde comme un variant préoccupant du SRAS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19.

Ce variant, ainsi que ses trois sous-lignées particulières, feront l’objet d’une surveillance rehaussée au Québec. Du même souffle, l’INSPQ simplifie la terminologie de classement des variants pour l’harmoniser avec les définitions de « variants préoccupants » et « variants d’intérêt » retenues au Canada et ailleurs dans le monde, abandonnant l’expression « variants sous surveillance rehaussée ».

Les définitions sont expliquées dans la publication : Définitions pour la vigie sanitaire des variants du SRAS-CoV-2 et classification des lignées détectées au Québec.

Les données sur les variants du SRAS-CoV-2 sont disponibles.

Un variant préoccupant

Le variant B.1.617 a été récemment classé « préoccupant » par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et par plusieurs juridictions dont le European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) et l’Agence de santé publique du Canada (ASPC).

Un variant est préoccupant lorsqu’il a une incidence sur la propagation de la maladie, la gravité de la maladie, les tests utilisés pour détecter le virus, les vaccins ou les traitements.

Bien que la présence de ce variant demeure limitée au Québec, le Comité d’experts en vigie génomique du SRAS-CoV-2 de l’INSPQ surveillera plus étroitement ce variant en raison de son impact épidémiologique démontré.

Les particularités du variant et les modalités de surveillance qui seront implantées au fil des prochaines semaines au Québec sont détaillées dans la publication : État de situation sur le variant B.1.617 du SRAS-CoV-2 (émergent d’Inde) et recommandations pour en rehausser la surveillance au Québec.

Trois sous-lignées du variant B.1.617 ont été identifiées : B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3. Une sous-lignée est un ensemble de virus descendants d’une même souche ancestrale. Chacune des sous-lignées présente des caractéristiques légèrement différentes, mais elles sont toutes porteuses de la mutation L452R sur la protéine du gène de la spicule (protéine S).

Selon les données scientifiques actuelles, la sous-lignée B.1.617.2 serait au moins aussi transmissible que le variant B.1.1.7 ayant émergé au Royaume-Uni et qui représente maintenant 92 % des cas de COVID-19 au Québec. Les vaccins seraient efficaces contre le variant B.1.617.2. Il est encore trop tôt pour évaluer si ce variant entraîne davantage de maladies plus graves ou de décès que le variant B.1.1.7.

Il est toutefois très important de contrer la propagation de ce variant – et de tous les variants préoccupants – pour éviter que ces formes plus difficiles à contrôler du virus ne s’installent dans la population et compromettent les efforts de lutte à la pandémie.

Au total, 27 cas de COVID-19 associés au variant B.1.617 sont confirmés au Québec en date du 31 mai 2021. Ces cas été retracés par séquençage d’échantillons prélevés sur des voyageurs aux aéroports par le Laboratoire national de microbiologie (LNM) à Winnipeg. On ne connaît pas la répartition régionale de ces cas au Québec, dont le premier a été identifié le 26 avril 2021.

Des cas présomptifs sont en cours de séquençage. Il pourrait y avoir davantage de cas au Québec.

Dépistage et criblage

Les sous-lignées B.1.617 ne sont pas identifiables avec les tests de dépistage du SRAS-CoV-2, ni avec les tests de criblage actuels. Il faut procéder au séquençage complet du génome pour identifier la lignée. Le séquençage est une opération longue et complexe. Il serait impossible de séquencer tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 au Québec.

Afin de détecter plus rapidement la présence de ce variant et de ses sous-lignées parmi les cas positifs de COVID-19, le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) de l’INPSQ a validé des trousses de détection pour permettre le repérage de la mutation caractéristique L452R dans le génome du virus. Dorénavant, la mutation L452R sera incluse dans le criblage des échantillons positifs détectés par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) pour le SRAS-CoV-2 en laboratoire.

Il faut comprendre que la mutation L452R n’est toutefois pas exclusive aux variants d’origine indienne B.1.617. Cette mutation est présente aussi dans plus de 75 lignées en circulation dans le monde. C’est pourquoi une fois la mutation identifiée par criblage, les autorités de santé publiques seront alertées de la présence de cette mutation associée à un variant préoccupant présomptif. Le séquençage complet du génome permettra par la suite de déterminer s’il s’agit d’une des sous-lignées du variant B.1.617.

Le virus continue d’évoluer et le profil de mutations des lignées peut changer dans le temps. Un effort rehaussé en santé publique devra être déployé afin de freiner la propagation de ce variant advenant une transmission soutenue sur le territoire québécois.

Le programme de surveillance des variants du SRAS-CoV-2, dirigé par le LSPQ, permet d’assurer une vigie des mutations du virus, de mener des études en laboratoire avec des chercheurs du réseau de la santé et des enquêtes épidémiologiques afin de mieux protéger la population du Québec contre les variants préoccupants.

Pour en savoir plus

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31 mai 2021