Les variants du SRAS-CoV-2

La vigie des mutations qui s’accumulent naturellement dans le génome du SRAS-CoV-2 est une priorité de santé publique. Elle vise à informer la prise de décision dans la lutte contre la COVID-19.

L’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) mène des activités de vigie génomique et des études épidémiologiques sur les variants du SRAS-CoV-2, afin d’évaluer leurs impacts, entre autres sur le dépistage, la transmission, la gravité de la COVID-19 et la réponse aux vaccins.


L’émergence de variants n’est pas nouvelle

Le SRAS-CoV-2 est un virus à acide ribonucléique (ARN) qui contient un génome d’environ 30 000 nucléotides et 29 protéines virales connues à ce jour. Lorsque le virus se réplique dans les cellules de l’hôte infecté, il recopie son matériel génétique en introduisant parfois des mutations. Lorsque ce nouvel assortiment de mutations est retrouvé chez plusieurs souches et constituent un groupe homogène, on parle alors de variants du virus. Ces changements sont normaux et actuellement, des milliers de variants de la souche initiale circulent dans le monde.

Durant la première vague, la plupart de ces mutations ne semblent pas avoir eu d'impact significatif sur les caractéristiques du virus. Mais au fil du temps, elles s’additionnent et certaines se répandent car elles apporteraient un avantage évolutif pour le virus. Depuis décembre 2020, certains nouveaux variants du virus font l’objet d’une surveillance mondiale rehaussée, parce qu’ils seraient plus contagieux et possiblement plus virulents que les autres variants en circulation dans le monde. Certains pourraient aussi avoir un impact négatif sur l’efficacité des vaccins contre la COVID-19.


Qu’est-ce qu’un variant?

Un variant est un sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations de celui de référence. Au sens strict du terme, un variant a subi plusieurs mutations importantes susceptibles de modifier ses caractéristiques, par exemple une plus grande facilité à se transmettre par rapport aux autres versions du virus. Les souches d’un même variant constituent un groupe homogène cohérent qui correspond en général une lignée phylogénétique (issue d’un ancêtre commun).

Au Québec, dans le cadre de la vigie génomique du SRAS-CoV-2, les variants sont classés en deux catégories : « variant préoccupant » ou « variant d’intérêt », selon le niveau de preuve scientifique d’un impact épidémiologique ou clinique chez l’humain (voir Définitions ci-dessous). Les autres variants sont compatibilisés et surveillés, en particulier pour détecter l’émergence d’un nouveau variant local, mais ne font pas l’objet d’une action rehaussée de santé publique.

À ce jour, les manifestations cliniques de la COVID-19 causées par les variants préoccupants semblent similaires de celles des variants communs du SRAS-CoV-2. Lorsqu’une personne reçoit un diagnostic de dépistage positif pour la COVID-19, des tests supplémentaires (criblage et séquençage du génome entier) sont parfois réalisés par les laboratoires désignés du réseau, en collaboration avec le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) pour déterminer s’il s’agit d’un variant préoccupant ou d'intérêt.


La vigie des variants du SRAS-CoV-2 au Québec

L’INSPQ et son Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) pilotent le Programme de vigie des variants de la COVID-19 au Québec. Ce programme démarré dès avril 2020 et rehaussé en janvier 2021 vise à séquencer au moins 65 000 échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 par détection d'acides nucléiques d’ici la fin de l’année 2021. L’objectif est de séquencer, de façon hebdomadaire, au moins 10 % de tous les échantillons positifs afin de dresser le portrait des variants en circulation et de détecter de nouveaux variants susceptibles de nécessiter une intervention de santé publique. Le LSPQ fait aussi du séquençage ciblé, entre autres chez les cas jugés prioritaires tels les voyageurs à l’extérieur du Canada et les cas de COVID-19 suite à la vaccination.

1re étape : le criblage

Une partie des échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 font l’objet d’analyses complémentaires afin de détecter la présence de variants préoccupants. Le LSPQ et le réseau de laboratoires hospitaliers à travers le Québec effectuent depuis le 15 février 2021 des tests d’amplification des acides nucléiques (TAAN) de criblage. Il s’agit d’une méthode rapide pour détecter les mutations dites « signatures » de certains variants (ex. la mutation N501Y dans la protéine de spicule). Les résultats sont généralement disponibles dans un délai de 24 heures. Les cas présomptifs de variants préoccupants sont ensuite acheminés au LSPQ pour séquençage du génome entier.

Intervenir rapidement

Dès qu’un cas présomptif de variant préoccupant est identifié au criblage, un représentant de la Santé publique contacte la personne infectée ainsi que les personnes avec qui elle a été en contact rapproché, afin de les informer des mesures renforcées d’isolement et de prévention applicables en contexte de variant (voir Mesures pour la gestion des cas et des contacts dans la communauté). Ces mesures préventives visent à limiter la propagation de variants plus transmissibles au Québec.

2e étape : le séquençage

Les résultats positifs au criblage sont considérés comme des cas présomptifs ou confirmés de variants préoccupants, selon la valeur prédictive du résultat de criblage. En raison des limites du criblage, les cas détectés doivent généralement être confirmés par séquençage du génome entier du virus, à l’exception du variant B.1.1.7 (émergence au Royaume-Uni) dont les résultats de criblage démontrent une forte valeur prédictive positive. Le séquençage est une opération coûteuse, longue et complexe qui permet de décoder le génome du virus et d’identifier la lignée d’appartenance du variant. Les résultats sont généralement disponibles dans un délai de 7 à 14 jours.

Le séquençage des échantillons positifs pour la COVID-19 est une activité essentielle pour dresser le portrait des variants circulant au Québec. Elle permet aussi de détecter les nouvelles mutations pouvant altérer les propriétés biologiques et la détection du virus.

La recherche sur les variants

Les experts de l’INSPQ et les partenaires académiques mènent trois types d’études.

  • Des études phylogénétiques pour dresser le portrait des variants circulant au Québec et les événements d’introduction.
  • Des études épidémiologiques pour identifier les variants susceptibles d’augmenter la transmission ou la gravité de la maladie et caractériser les réinfections et les échecs vaccinaux au Québec.
  • Des études fonctionnelles (en laboratoire) pour mieux comprendre en quoi les changements du virus affectent sa réplication, son affinité pour le récepteur cellulaire ACE2, sa transmission, sa pathogénèse, sa réponse aux vaccins et la performance des tests diagnostiques.

Les experts réalisent aussi une veille des études scientifiques sur les variants du SRAS-CoV-2 identifiés ailleurs dans le monde.

Données sur les variants de SRAS-CoV-2

L'INSPQ publie quotidiennement une mise à jour des données sur les variants, qu’ils soient confirmés par séquençage génomique ou détectés par TAAN de criblage.


Variants préoccupants

À ce jour, quatre variants du SRAS-CoV-2 (lignées B.1.1.7, B.1.351, P.1 et B.1.617) sont considérés comme des variants préoccupants et font l’objet d’une surveillance rehaussée en raison des impacts qu’ils pourraient avoir sur l’évolution de la pandémie de COVID-19. Selon les études disponibles, ces variants pourraient être plus transmissibles, plus virulents et associés à plus de cas de réinfections ou d’infections post-vaccination que les autres variants en circulation.

Le variant B.1.525 ayant émergé au Nigéria a été classé comme un variant sous surveillance rehaussée en mars 2021, mais a été rétrogradé en mai au statut de variant d’intérêt selon la nouvelle définition en vigueur pour la vigie des variants sur SRAS-CoV-2 au Québec.

Variant B.1.1.7

Émergence : Royaume-Uni, septembre 2020
Présence au Québec depuis décembre 2020

Ce variant est responsable de la plupart des nouvelles infections au Royaume-Uni et dans plusieurs autres pays dans le monde, dont le Canada. Selon certaines études, il serait de 40 à 80 % plus transmissible et de 10 à 70 % plus virulent comparativement aux autres variants communs. Toutefois, la lignée B.1.1.7 n'est généralement pas associée à un risque accru de maladie grave et de mortalité. Des études avec un plus grand nombre de participants sont nécessaires pour confirmer ces résultats. Par ailleurs, le risque de réinfection serait similaire avec ce variant comparativement aux autres variants communs, et les vaccins et traitements par anticorps contre la COVID-19 seraient tout aussi efficaces contre les infections symptomatiques et maladies sévères causées par ce variant.

Variant B.1.351

Émergence : Afrique du Sud, octobre 2020
Présence au Québec depuis février 2021

Ce variant serait 50 % plus transmissible que les autres variants communs. Il aurait causé une augmentation de la mortalité en milieu hospitalier durant la deuxième vague (comparativement à la première) en Afrique du Sud. À ce jour, les études sur la transmission et les impacts de ce variant sont limitées. Selon les études cliniques, les vaccins et traitements par anticorps seraient efficaces contre les infections et les maladies sévères causées par ce variant, mais dans une moindre mesure quand on les compare aux autres variants. Selon les études de laboratoire, il serait moins sensible aux anticorps neutralisants du plasma de convalescence ou de personnes vaccinées pour la COVID-19, ce qui pourrait signifier un risque accru de réinfection ou d’échappement à la vaccination. Néanmoins, les autres composantes de la réponse immunitaire induite par une infection naturelle ou les vaccins, qui éliminent les cellules infectées, ne semblent pas être affectées par ce variant. 

Variant P.1

Émergence : Brésil, janvier 2021
Présence au Québec depuis mars 2021

Ce variant a été identifié pour la première fois chez des voyageurs en provenance du Brésil qui ont été testés lors d'un dépistage de routine dans un aéroport au Japon, au début janvier 2021. Au Brésil (ville de Manaus), le variant P.1 serait de 80 à 150 % plus transmissible et de 10 à 80 % plus virulent (risque de décès) que les variants communs. À ce jour, les études sur la transmission et les impacts de ce variant sont limitées et la situation observée pourrait s’expliquer par une surcharge rapide du système de santé. Une étude a démontré qu’un des vaccins approuvés (vaccin avec un virus inactivé) était efficace à 42 % après deux doses contre la maladie dans le contexte d'une transmission étendue du variant P.1 au Brésil. En laboratoire, une diminution de l’activité de neutralisation est observée avec ce variant pour certains vaccins et traitements par anticorps.

Variant B.1.617

Émergence : Inde, août 2020
Présence au Québec depuis avril 2021

L’Inde a connu une augmentation importante des cas et décès liés attribué à la COVID-19 au printemps 2021. Toutefois, cette augmentation pourrait aussi bien être associée à l’émergence des variants de lignée B.1.617 qu’au relâchement trop rapide des mesures sanitaires entrainant une surcharge rapide du système de santé. Actuellement, la lignée est divisée en trois sous-types : B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3. En Angleterre, la transmissibilité du sous-type B.1.617.2 serait égale ou supérieure à celle du variant B.1.1.7. La virulence des infections associées au variant B.1.617.2 est en cours d’évaluation. Des cas de réinfection ont été détectés en Angleterre, mais sans preuve d’une augmentation du risque de réinfection selon une étude de cohorte chez les travailleurs de la santé. Une étude des autorités de santé publique d’Angleterre rapporte que les principaux vaccins utilisés se révèlent efficaces contre les infections symptomatiques causées par le variant B.1.617.2. En laboratoire, une diminution de l’activité neutralisation est observée avec le variant B.1.617.1 pour certains vaccins et traitements par anticorps.


En plus de ces quatre variants classés « d’intérêt » sont également sous surveillance au Québec, soit ceux des lignées B.1.525 (Nigéria), B.1.160 (Europe) et B.1.526, B.1.427 et B.1.429 (États-Unis), mais pour l’instant, rien n’indique qu’ils sont préoccupants au Canada.

La situation des variants est sous surveillance étroite, car elle peut changer le cours de la pandémie. Il est donc important dépister rapidement tous les cas positifs de COVID-19 et d’assurer une vigie génomique pour identifier les nouvelles variantes du virus. Parallèlement, des actions rapides des directions régionales de santé publique pour retracer et isoler les contacts, ainsi que le respect des consignes sanitaires par toute la population vont aider à freiner la propagation des variants préoccupants.

Toute personne qui présente des symptômes qui s’apparentent à la COVID-19 ou qui a été en contact étroit avec une personne atteinte devrait aller se faire tester rapidement.


Pour en savoir plus

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Définitions

Génome : L'ensemble de l’information génétique d'un organisme

Lignée : Un ensemble de virus descendants d’une même souche virale ancestrale.

Mutation : Tout changement dans la séquence génétique du virus qui se produit lors de sa multiplication dans une cellule hôte.

Phylogénie : Étude des liens génétiques existant entre espèces apparentées.

Variant : Sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations de celui de référence.

Variant préoccupant : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique démontré sur la gravité de la maladie, la transmissibilité du virus ou l’efficacité vaccinale.

Variant d’intérêt : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique potentiel sur la gravité de la maladie, la transmissibilité ou l’efficacité vaccinale (par exemple, en raison de la présence de mutations communes aux variants préoccupants).

Séquençage : Le séquençage permet de déterminer le génome entier du virus pour identifier les mutations qui définissent les variants.

Dernière mise à jour : 

31 mars 2021